Choroba autoimmunologiczna oznacza, że układ odpornościowy nieprawidłowo traktuje własne ciało. Ponieważ uznaje ją za ciało obce, zaczyna produkować komórki, których zadaniem jest zwalczenie „intruza”. Dochodzi wtedy do pojawienia się stanu zapalnego, dolegliwości bólowych, a jeśli zostanie zaatakowany staw, pojawia się trudność w poruszaniu.

Do chorób tego typu należą na przykład takie choroby stawów jak reumatoidalne zapalenie stawów, łuszczycowe zapalenie stawów, zesztywniejące zapalenie kręgosłupa. Ich leczenie jest trudne i długotrwałe, a szansa na całkowite wyzdrowienie – niewielka. Dzięki nowoczesnym metodom leczenia można ograniczyć dolegliwości bólowe oraz częstotliwość napadów. W niektórych chorobach istotną rolę odgrywa dieta – dzięki niej, można na przykład ograniczyć częstotliwość napadów reumatyzmu. W tego typu dolegliwościach wskazane jest używanie leków, które znacznie ograniczają działanie układu odpornościowego w danym miejscu – do tego typu substancji należą na przykład sterydy.